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单细胞ATAC-seq:道理能说千千万,不如落实真拼干
人阅读 发布时间:2019-03-07 14:46
若干年后,人们在讨论单细胞ATAC-seq时,2018年一定是不容忽视的一个年份。
根据Web of Science统计数据,2018一年ATAC-seq文章发表数目骤增至26篇,几乎达到前些年文章数目的总和。
另外一个重要的评价因素是, 10X Genomics于2018年年底正式推出了第一个商业单细胞ATAC-seq产品及实施方案。
在过去的一段时间内,关于单细胞ATAC-seq各种技术原理和高分文章的解读也随之而来,例如《10X Genomics单细胞ATAC-seq技术简介》。
道理能说千千万,不如落实真拼干!欧易生物在单细胞ATAC-seq方面,目前已经研发完成丰富的分析内容。小编在此仅通过10X Genomics官方提供的小鼠样本数据,为各位看官展示部分分析内容。
测序质控结果
基于10X Genomics官方cellranger-atac软件得到每个样本的质控报告,部分结果如下:
A:测序质量评估;B:有效细胞数;
C:插入片段统计;D:TSS富集分析
分析结果展示
Bulk ATAC-seq分析
对不同样本鉴定到的peak进行基因组区间分布统计,同时比较不同样本之间染色质开放位点差异,以及这些差异位点临近基因的GO和KEGG富集分析。
A:peak分布统计;B:Venn差异分析;
C:临近基因GO富集分析;D:临近基因KEGG富集分析
Motif注释分析
将鉴定到的染色质开放位点同转录因子数据库JASPAR关联,可以得知每个Motif注释的变异性,并且根据Motif注释结果进行样本聚类。
A:Motif可变性统计;B: Motif聚类分析
聚类分析
通过t-SNE直接对样本进行降维、聚类分析,可以分析样本之间的相似性,或分析不同批次之间的批次效应;通过无监督聚类,可以预测细胞的实际分群情况;同时可以将不同亚群的细胞同ImmGen数据库关联,进行细胞类型的鉴定。
A:样本聚类分析;B: 无监督聚类分析;C:细胞类型鉴定
深入挖掘分析
根据染色质开放性可以预测临近基因的调控网络,同时也可以预测细胞发育过程的动态变化。
A:Cis调控预测;B: 拟时序分析
单细胞ATAC-seq可进行的分析内容远远不仅上面的这些,而且每一种分析内容都可以通过多种算法获得最优分析结果。由于篇(lao)幅(ban)有(bu)限(rang),小编下次再和您一一道来。
最后,小编想对各位看官说:粮草已备,只待君征!
欧易生物是国内较早引进10X Genomics平台的机构之一,打造了专业的单细胞分析团队,积累了丰富的单细胞项目经验,同时也成功举办过多期广受好评的单细胞测序培训班。欧易生物期望助力各位科研工作者,期待与您合作。
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本文系欧易生物原创
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