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2009 年,从基因芯片技术入手,本着为客户提供有品质且有温度的生物技术服务这一简单想法,欧易开启了事业征程。十余年来,沐风栉雨,初心不改,从文库技术到基因芯片技术、二代测序技术、三代测序技术、质谱技术,我们一直在多组学技术领域开拓前行。 通过技术开发、流程优化、精良设备引进、人才聚集、持续管理提升,欧易建立起了高质量标准以及严格的质控体系,并始终秉承“硬数据,好服务”的一贯追求,为客户提供有品质的技术服务。 欧易先后获得美国 Agilent 公司、美国 Affymetrix 公司、美国 Pacbio 公司在中国的认证服务商资质,先后与中国海洋大学、中科院遗传所等建立了紧密的产学研合作,与日立诊断公司共建联合研发实验室。 2017 年,控股上海鹿明生物,实现了从基因组、转录组、表观组到蛋白组、代谢组的完整组学技术服务成立晶准医药,实现了从科技服务到精准医疗的跨越,在多年技术积累的基础上,全力推进分子诊断产品的研究开发。成立以来,欧易已经服务客户近万名,用户单位过千家,协助客户发表 SCI 论文数千篇,积极参与并推动了科技服务产业的发展。 今天的欧易,以生物科技为核心,以科技服务、分子诊断为两大主攻方向,正昂首阔步迈向未来。
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科研干货 | BRIG绘制原核生物比较基因组圈图

人阅读 发布时间:2021-09-15 15:09

BRIG[1]是一款功能强大的分析及可视化软件,操作简单,界面友好,能够在一张图中展示近百个基因组比较结果。BRIG是由Java1.6编写的,使用BLAST进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。

 

先来康康BRIG做的图,是不是您的比较基因组分析所需要的吧:

 

一、软件下载:Java,BLAST以及BRIG1.1  

1.1  Java下载,根据自己电脑下载对应的java

https://www.java.com/zh-CN/download/manual.jsp

 

1.2 BLAST下载,可选择blast的版本,一般版本都可以。

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/

Java和BLAST+,简单安装后即可使用,将Java和BLAST+添加到环境变量中,可以在windows高级系统设置中的环境变量进行设置。

 

1.3 BRIG1.1下载

下载地址:http://sourceforge.net/projects/brig/

 

BRIG-0.95-dist.zip解压后。点击BRIG.jar即可使用

 

点击后运行界面就如下图所示

 

二 、数据准备

在这里以细菌为例,一般选择完成图,如果是草图需要合并成一条fasta序列,在这里我们以lactobacillus gasseri 为例,准备一株菌当做参考基因组,并下载Genbank文件。

 

三、软件使用

3.1  通过Preferences >BRIG options,设置blast软件路径,点击Save settings as default,如下图所示

注:Pesferences选项下的 Image options,如果后面出图不完整,可以设置Height和width,改到合适的大小后save&close

 

3.2  选择分析参考基因组,单击Add to data pool将输入文件夹中的序列添加到BRIG data pool,单击next

 

3.3 点击next后,出现界面如下如所示,需要设置每一圈信息

 

3.3.1 设置第一圈,即Ring1 ,Ring1一般为GC_Skew

 

3.3.2  设置第二圈,即Ring2,Ring2一般为GC content

 

3.3.3  设置第第三圈及其余圈 ,和第二圈的操作是一样的,我这边就以第三圈为例

 

3.3.4 最终设置后的界面如下

 

如果不需要最完全注释信息,可以点击next,出现一下以下界面,设置后,点击提交即可。

 

简单的图就出来啦~~~图就出来啦~~~

 

 

四、添加注释信息

如果有想给圈图添加注释信息的小伙伴,可以通过Add custom feature按钮,进入基因注释信息编辑栏。

 

注释信息的添加有四种方式:Single entry(即编辑单个基因)、Tab-delimited(导入xls文件)、Genbank(添加gbk文件)、Embl(添加embl文件)。

 

在这里我们主要操作展示添加Genbank的注释信息方法:

4.1 设置注释信息

 

4.2 完成后点击close,然后点击next,出现一下以下界面,设置后,点击提交即可。

 

好啦,今天分享的BRIG绘制圈图寄到这里啦!心动不如行动,各位老师们操练起来吧!

 

参考文献

[1] Alikhan N F , Petty N K , Zakour N , et al. BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons[J]. Bmc Genomics, 2011, 12

 

近期活动

活动一:微生物多样性测序优惠大放送

 

活动二:宏基因组产品钜惠来袭

 

精彩回顾

1.《欧易打造微生物多样性描述葵花宝典(下)》

2.《一键到底!欧易云转录组差异富集分析工具正式上线》

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