9月客户文章合集

多年来，欧易生物深耕于基因测序行业，致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供创新多组学技术服务。现已在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物等方向积累了深厚经验，并打造出成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止，我们已助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。

据不完全统计，2023 年 9 月欧易生物已助力 75 篇客户文章发表在各领域知名期刊上，累计 IF高达 621.1分，平均 IF 达到 8.4分。其中包括Signal Transduction and Targeted Therapy，Molecular Cancer，Cell Metabolism等在内的10分以上文章21篇。

此次收录的文章涵盖多个研究方向，如涉及单细胞方向 7 篇、转录调控方向 36篇、基因组方向 2 篇、微生物方向 12 篇、表观组方向 4 篇、酵母文库 1 篇、蛋白组&代谢组 5 篇、云平台 8 篇。

接下来让我们一起回顾一下这些科研成果！

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01

Signal Transduction and Targeted Therapy | MDIG通过介导H3K9me3去甲基化激活OTX2促进肝脏再生

影响因子：39.3

作者单位：四川大学华西医院

欧易生物提供：CUT&Tag测序

 

研究内容：

矿物粉尘诱导基因（MDIG）包含一个保守的JmjC结构域，具有去甲基化组蛋白H3赖氨酸9三甲基化(H3K9me3)的能力。已有研究表明，MDIG通过调控细胞周期转换促进细胞增殖。然而，其在肝再生中的作用尚未得到广泛研究。因此，该研究建立了肝脏特异性敲除MDIG小鼠，利用肝部分切除术或 CCl _ 4小鼠模型来研究MDIG在肝再生中的生物学贡献。实验结果显示，MDIG水平呈现先上调后下调的趋势，遗传性MDIG缺陷导致肝再生显著受损和细胞周期进展延迟。RNA-seq分析表明Myc是MDIG的关键下游效应因子。然而，ATAC-seq结果显示，在MDIG处理后的再生肝中，OTX2位点的染色质可及性降低，而Myc位点的染色质可及性未发生改变。在机制上，MDIG通过使OTX2启动子区域的H3K9me3去甲基化，改变染色质的可及性，从而允许转录。因此，在MDIG缺陷的肝细胞中，转录因子OTX2在Myc启动子区域的结合减少，从而抑制Myc的表达。反过来，Myc通过调节MDIG启动子活性增强MDIG表达，形成正反馈环维持肝细胞增殖。

 

总之，该结果证明了MDIG通过调节组蛋白甲基化改变染色质可及性在促进肝再生中的重要作用，并为肝再生过程中的表观转录组调控提供了有价值的见解。

 

02

Molecular Cancer | CircXRN2 通过激活人类膀胱癌中的 Hippo 通路来抑制由组蛋白乳酸化驱动的肿瘤进展

影响因子：37.3

作者单位：浙江大学医学院附属第一医院

欧易生物提供：CUT&Tag测序、转录组测序

 

研究内容：

膀胱癌（BCa）是全球最常见恶性肿瘤之一，预后较差，因此深入研究BCa的发病机制意义重大。LATS1是Hippo信号通路中的一个重要促进分子，在多种恶性肿瘤中发挥重要作用。该研究通过RNA免疫沉淀联合circRNA测序等实验鉴定到一个环状RNA circXRN2与LATS1存在相互作用并与Hippo通路的活化相关。研究人员通过实验证实了circXRN2通过激活Hippo信号通路调控肿瘤细胞的增殖和生长速率。机制上，CircXRN2通过与SPOP 降解决定子结合，阻止LATS1降解，进而激活Hippo信号通路以发挥各种生物学功能。此外，circXRN2/Hippo调控轴在BCa中抑制糖酵解和乳酸代谢，并调控组蛋白乙酰化。为了揭示H3K18乳酸化的调控机制，研究者联合了CUT&Tag测序与转录组测序等实验，发现LCN2是H3K18乳酸化的靶标，H3K18乳酸化通过调控LCN2的表达促进BCa进展。

 

综上所述，CircXRN2 通过激活人BCa中的 Hippo 信号通路来抑制 H3K18 乳酸化驱动的肿瘤进展。该研究结果指出了人类BCa治疗的新靶点，并为BCa的临床干预提供了潜在的治疗策略。

 

03

Cell Metabolism | 骨髓免疫细胞应对波动的营养压力来限制体重反弹

影响因子：29

作者单位：中南大学湘雅医院

欧易生物提供：单细胞转录组测序

 

研究内容：

肥胖患者减重后极易出现体重反弹，导致肥胖相关的代谢性疾病病程反复甚至加剧，免疫细胞适应波动的营养压力，但它们对体重反弹的调控尚不清楚。为探索营养波动对骨髓免疫细胞的影响，研究人员对小鼠的骨髓免疫细胞进行了单细胞测序分析。分析发现在减重后的小鼠骨髓中有一群具类干细胞特性的CD7⁺单核细胞亚群显著增加，移植CD7⁺单核细胞能促进受体小鼠能量代谢，抑制体重反弹，而诱导清除该细胞可加速体重反弹。进一步研究发现，这些细胞通过表观遗传适应积累代谢记忆，优先迁移到皮下脂肪组织，并分泌效应因子FGL2以激活PKA信号通路介导的产热程序，从而促进能量消耗。值得注意的是，随着减重时间的延长，该细胞群逐渐进入静息状态，而骨髓微环境因子FLT3L刺激可显著恢复CD7⁺单核细胞的活力，再次发挥对抗体重反弹的作用。

 

综上所述，该研究解析了骨髓免疫细胞响应营养波动调控体重反弹的分子机制，为肥胖及相关代谢性疾病的防治带来新视角。

 

04

Molecular Plant | MKK3-MPK7级联磷酸化ERF4并促进其快速降解以释放拟南芥种子休眠

影响因子：27.5

作者单位：中国农业科学院深圳农业基因组研究所

欧易生物提供：拟南芥转录因子文库筛选

 

研究内容：

种子休眠是种子植物为适应所处生长环境长期进化形成的性状，但种子如何感知传递外界信号，释放休眠启动萌发的分子机制尚不清楚。该研究鉴定到一个由MKK3-MPK7激酶级联和ethylene应答因子ERF4组成的命运开关，负责调控种子从休眠状态到萌发状态的转变。研究发现，休眠解除因子能够激活MKK3-MPK7模块，通过激活细胞扩增相关基因EXPAs的表达来释放种子的休眠。进一步的研究鉴定到MKK3-MPK7模块的一个直接下游底物ERF4，它能够直接结合在位于EXPAs基因外显子的GCC box上，抑制EXPAs基因的表达，从而抑制种子萌发。当种子感知到环境中的萌发信号后，被激活的MKK3-MPK7模块能够磷酸化ERF4，导致其快速降解，从而释放其对EXPAs基因表达的抑制作用，使种子能够萌发。总之，该研究确定了一条由蛋白质磷酸化、蛋白质降解和基因表达调控组成的信号传递链，通过这条信号链，种子胚胎内的萌发促进因子能够感知并响应环境中的萌发信号。

 

该研究对改良作物种子的休眠特性，减少极端天气下穗发芽的发生，保障粮食生产和食品安全具有重大意义。

 

05

Nature Communication | 超有机体中意外的工蜂交配和群体建立

影响因子：16.6

作者单位：中国农业科学院蜜蜂研究所

欧易生物提供：转录组测序

 

研究内容：

超有机体熊蜂属于社会性昆虫中级型分化群体，其主要进化规律之一就是羽化前级型决定的蜂王注定能交配、而工蜂终身不交配，蜜蜂、蚂蚁等超有机体的工蜂失去或只保留了退化的受精囊结构。然而，尽管超有机体熊蜂进化已有2500万-4000万年，但工蜂仍然保留着完整的受精囊却终身不能交配，这成为学界长久以来的一个未解之谜。因此，研究团队首先通过人工授精技术验证了熊蜂工蜂受精囊仍具有储存精子、释放精子、促使卵子受精等生殖功能，并通过转录组分析验证了它们在授精前后的基因表达模式与蜂王类似，熊蜂工蜂保留了类似蜂王的生殖特征，能够交配和创建蜂群。其次，研究发现羽化后孤立的熊蜂工蜂具有交配能力，这意味着工蜂的交配能力并不是在羽化前就丧失，而是在受到蜂群社会因素的抑制后才会丧失。同时通过半野外实验，验证了失王群的工蜂可获得交配且繁殖出雌性后代的机会，这可能是一种繁殖策略，以维持蜂群发展，应对蜂王的早期损失。

 

总之，研究结果挑战了超有机体中工蜂终身不交配的观点，为濒危熊蜂物种的保护提供了新思路。

 

06

Advanced Science | 多倍体大肠杆菌的构建及其在L-苏氨酸生产中的应用

影响因子：15.1

作者单位：山东大学

欧易生物提供：转录组测序-原核

 

研究内容：

合成生物学的核心理念是设计和创建新的生物系统或生命体。设计一种高效的微生物细胞工厂用于高附加值的生产是目前合成生物学的研究重点。但是，目前为止构建的人工细胞仅处于理论研究阶段，它的实际应用潜力是未知的。细胞进化的趋势是从单倍体细胞到多倍体细胞，ftsZ基因是控制细胞分裂的主要基因。因此，该研究构建不同表达强度“CmR-终止子-启动子-RBS” 元件盒，并插入染色体ftsZ基因前精细调控ftsZ的表达水平，构建了同时含有野生型和工程染色体的多倍体大肠杆菌，并通过PCR扩增、终止子定位和流式细胞术证实含有2-4条染色体的人工多倍体大肠杆菌。多倍体大肠杆菌的细胞尺寸较大，其低pH耐受性和醋酸盐抗性比单倍体大肠杆菌更强。转录组分析表明，多倍体大肠杆菌的氨基酸代谢、中心碳代谢、能量代谢等核心代谢途径相关基因的转录水平显著增加。发酵结果显示多倍体大肠杆菌在摇瓶和发酵罐中达到了目前研究报道的最高产量160.3g/L。

 

总之，该研究开发了一种简单方便的多倍体大肠杆菌构建方法，并展示了其在 L-苏氨酸生产中的应用，为创建用于生化生产的优良宿主菌株以及研究原核生物的进化及其染色体功能提供了新的方法。

 

07

International Journal of Oral Science | PGC1α通过重编程能量代谢抑制口腔黏膜上皮异常增生细胞增殖

影响因子：14.9

作者单位：四川大学华西口腔医院

欧易生物提供：转录组测序

 

研究内容：

口腔潜在恶性疾病（OPMDs）是口腔鳞状细胞癌（OSCC）的癌前病变。细胞能量代谢失调是癌细胞的关键特征。过氧化物酶体增殖物激活受体-γ共激活因子-1α（PGC1α）在线粒体能量代谢中起着重要作用，但PGC1α对OPMDs进展的分子机制尚不清楚。因此，团队研究了敲降PGC1α对人口腔黏膜上皮异常增生细胞（DOKs）的影响，包括细胞增殖、细胞周期、凋亡、异种移植瘤、线粒体DNA（mtDNA）、线粒体电子传递链复合物、活性氧、耗氧率、细胞外酸化率和葡萄糖摄取。研究发现，敲降PGC1α显著抑制了DOKs的体外增殖和体内肿瘤生长，并抑制PI3K/Akt信号通路，而不影响细胞凋亡。机制上，PGC1α下调后，DOKs细胞的线粒体质量和功能下降，呼吸链复合体表达下调，DOKs细胞向糖酵解转变的能量代谢途径下调，同时氧化磷酸化程度上调。此外，PGC1α抑制剂SR18292也可以抑制DOKs细胞移植瘤的生长。

 

总之，该表明PGC1α通过重新编程能量代谢和干扰能量代谢，在细胞增殖中起着关键作用，可以作为OPMDs治疗的潜在靶点。

 

08

International Journal of Oral Science | artemisinins通过抑制白念珠菌菌丝的发育来抑制口腔念珠菌病

影响因子：14.9

作者单位：四川大学华西口腔医院

欧易生物提供：转录组测序

 

研究内容：

白色念珠菌是人体口腔最常见的真菌，它通过从酵母到菌丝形态的转变来增加毒力，成为口腔念珠菌病的主要致病菌。然而，目前临床抗真菌药物长期过度使用，缺乏新型药物，加之耐药性问题，给抗真菌治疗带来挑战。该研究发现了七种artemisinin类化合物(如artemisinin、二氢artemisinin等)都可以抑制白色念珠菌菌丝体的形成，从而抑制其病原性，并且artemisinin类化合物不仅可以抑制敏感型白色念珠菌，而且抑制临床分离的阿昔洛胺耐药型菌株。转录组分析表明，蒿乙醚可能影响念珠菌的能量代谢。在细胞代谢水平artemisinin类化合物通过影响白色念珠菌的能量代谢，降低ATP和cAMP水平，从而抑制Ras1-cAMP-Efg1信号通路，进而抑制菌丝体形成。重要的是，artemisinin类化合物可以有效治疗小鼠口腔念珠菌病模型，对敏感型和耐药型菌株均有效，且无明显毒副作用。

 

综上所述，artemisinin类化合物可能成为新型抗真菌药物候选药物，尤其适用于临床耐药菌株引起的感染。

 

09

Acta Pharmaceutica Sinica B | 髓系细胞ACAT1缺乏通过增强髓源性抑制细胞代谢的积累来促进胶质母细胞瘤的进展

影响因子：14.5

作者单位：中国医学科学院药物研究所

欧易生物提供：转录组测序

 

研究内容：

胶质母细胞瘤（GBM）是一种具有免疫抑制性肿瘤微环境（TME）的高度侵袭性和致死性脑肿瘤。在这种环境下，髓系细胞，如髓源性抑制细胞（MDSCs）在抑制抗肿瘤免疫中发挥着关键作用。该研究团队首先利用基因表达综合数据库中人类原发性胶质瘤手术标本的单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据，研究酮体生成关键酶乙酰辅酶a乙酰转移酶1 (ACAT1)表达与GBM患者髓系细胞比例之间的关系。分析结果显示，脂肪酸氧化（FAO）和ACAT1在GBM患者浸润的MDSCs中显著下调。为了进一步阐明ACAT1对髓系细胞的影响，研究人员建立了髓系特异性敲除ACAT1的小鼠模型。研究结果表明，ACAT1在调节MDSCs的分化和生物学活性方面起着关键作用，髓系细胞中ACAT1的缺失导致MDSCs的积累和免疫抑制性肿瘤微环境的形成，从而促进了小鼠脑胶质母细胞瘤异种移植瘤G422的生长。

 

综上所述，该研究结果表明，ACAT1通过调节TME中的MDSCs的功能作为GBM治疗的潜在药物靶点。

 

10

Science Advances | WDR70对POLE3介导的DNA双链损伤修复的调控机制

影响因子：13.6

作者单位：四川大学华西医院

欧易生物提供：全外显子捕获测序

 

研究内容：

基因组不稳定是癌症的一个标志。DNA损伤的快速有效修复有助于维持基因组的完整性，这对细胞的存活至关重要。组蛋白H2B 第120位点的赖氨酸单泛素化（H2B K120ub1）是最重要的染色质修饰之一，其可作为信号传导的关键节点激发下游重要的组蛋白修饰通路以促使染色质结构的改变，从而参与多种关键细胞生理过程，包括DNA转录、DNA损伤修复和DNA复制等。尽管已经报道H2BK120ub1是由RNF20/40和CRL4WDR70介导的，但关于WDR70调控H2BK120ub1的潜在机制却知之甚少。该团队通过功能实验证实WDR70的WD结构域是RNF20/RNF40互作和H2B K120ub1必需的，且缺失WDR70可抑制DNA损伤修复从而导致基因组不稳定。团队进一步通过转录组分析发现DNA聚合酶POLE3的转录受WDR70及H2B K120ub1的紧密调控，且POLE3参与DNA复制压力下的染色质完整性维持。在机制上，POLE3与染色质重塑复合物的亚基CHRAC1结合，并招募NHEJ的效应蛋白KU80至DNA损伤部位以完成DNA损伤修复。重要的是，研究团队发现CHRAC1在结直肠癌中存在D121Y点突变，使其结合POLE3的能力受损而导致DNA损伤修复能力下降。

 

总之，这些发现强调了WDR70在维持基因组稳定性方面的前所未知的作用，并暗示POLE3和CHRAC1是癌症治疗的潜在靶点。

 

 

 

 

 

 

 

 

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