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月度成果 | 助力发文129篇，累计IF高达1061.5分
人阅读 发布时间：2024-04-19 10:21
2024年2月-客户文章合集
多年来，欧易生物深耕于生命科学科研服务行业，致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供靠谱的多组学技术服务。欧易生物在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物等方向积累了深厚经验，打造了成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止，我们以“硬数据，好服务”的理念，助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。
喜 报
据不完全统计，2024 年 2月欧易生物已助力129篇客户文章发表在各领域知名期刊上，累计 IF 高达1061.5分，平均 IF 达到8.2 分。其中包括Nature，Signal Transduction and Targeted Therapy，Nature Genetics，Journal of Hepatology等在内的10分以上文章28篇。此次收录的文章涵盖多个研究方向，如涉及单细胞时空组学方向 6 篇、转录调控方向 75 篇、基因组方向 5篇、微生物方向 13 篇、表观组方向3篇、酵母文库 7 篇、蛋白组&代谢组 8 篇、云平台 11 篇、多组学联合1篇。
接下来让我们一起回顾一下这些科研成果！
01
Nature | 494例肝细胞癌的深度全基因组分析
影响因子：64.8
作者单位：海军军医大学东方肝胆外科医院
欧易生物提供：FullMoon Phospho Explorer Antibody Array
研究内容：
全球诊断出的肝细胞癌(HCC)病例中有一半以上来自中国。然而，在中国患者的乙型肝炎病毒(HBV)相关HCC中进行的全基因组分析仍有限。该研究团队启动了中国肝癌图谱(CLCA)项目，并对494个HCC肿瘤进行了深度全基因组测序(平均深度，120×)。从中确定了之前未报道过的6个编码区和28个非编码区的候选驱动事件，并发现了五个先前未报道的突变特征，包括马兜铃酸相关的indel和双碱基特征，以及一个被命名为SBS_H8的单碱基替换特征。五核苷酸背景分析和实验验证证实，SBS_H8与马兜铃酸相关的SBS22是不同的。从外，研究发现HBV整合可能采取染色体外环状DNA的形式，导致拷贝数和基因表达升高。该高深度数据还表征了亚克隆性集群性变异，包括染色体碎裂、chromoplexy和kataegis，表明这些灾难性事件也可能发生在肝癌发生的晚期。所有变异类型的通路分析进一步将非编码突变与肝脏代谢失调联系起来。最后，研究者进行了体外和体内实验，证明 fbrinogen alpha chain(FGA)作为候选编码和非编码驱动因子，调控HCC的进展和转移。总的来说，CLCA研究描绘了中国HCC患者的详细基因组景观和进化史，并提供了重要的临床意义。
02
Signal Transduction and Targeted Therapy | TEA结构域转录因子1(TEAD1)通过BRD4/Wnt4通路诱导心肌成纤维细胞重构
影响因子：39.3
作者单位：复旦大学附属中山医院
欧易生物提供：转录组测序
研究内容：
心脏成纤维细胞(CFs)是负责胶原沉积和重塑的首要细胞，与心力衰竭(HF)显著相关。TEAD1已被证明对心脏发育和内稳态至关重要。然而，成纤维细胞内源性TEAD1在心脏重塑中的作用尚不完全清楚。转录组学分析显示，在主动脉收缩(TAC)和Ang-II输注后4周，小鼠心脏TEAD1表达持续上调。进一步的研究表明，CFs是压力过载时表达TEAD1水平升高的主要细胞类型。通过TEAD1-floxed小鼠与CFs和肌成纤维细胞特异性Cre小鼠杂交实现条件性TEAD1敲除，其超声心动图和组织学分析表明，CF和肌成纤维细胞特异性TEAD1缺陷和TEAD1抑制剂VT103治疗可改善TAC诱导的心脏重构。在机制上，RNA-seq和ChIP-seq分析发现Wnt4是一个新的TEAD1靶点。TEAD1已被证明通过Wnt信号通路促进成纤维细胞向肌成纤维细胞的转化，并且遗传性Wnt4敲低抑制TEAD1过表达的CFs的促转化表型。此外，免疫共沉淀结合质谱鉴定、染色质免疫沉淀和荧光素酶测定表明，TEAD1和BET蛋白BRD4之间存在相互作用，导致与Wnt4启动子的结合和激活。总之，TEAD1是通过BRD4/ Wnt4信号通路调控与病理性心脏重塑相关的促纤维化CFs表型的重要调节因子。
03
Nature Genetics | 肾透明细胞癌的多组学分析确定了与疾病进展相关的代谢重编程
影响因子：30.8
作者单位：华中科技大学同济医学院附属同济医院
欧易生物提供：单细胞转录组测序、空间转录组测序、空间代谢组
研究内容：
肾透明细胞癌(ccRCC)是一种复杂的疾病，具有显著的免疫和代谢异质性。本研究对同济医院RCC (TJ-RCC)队列的100例ccRCC患者进行了基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、空间转录组学和空间代谢组学分析，分析确定了四种ccRCC亚型，包括具有独特代谢特征的去分化(DCCD)-ccRCC亚型。DCCD癌细胞具有脂滴少、代谢活性降低、营养吸收能力增强、增殖率高的特点，预后较差。通过单细胞和空间轨迹分析，研究证明了DCCD是ccRCC进展的一种常见模式。即使在I期患者中，DCCD也与较差的预后和较高的复发率相关，这表明仅靠肾切除术无法治愈。该研究还提出了一种基于亚型特异性免疫细胞浸润的治疗策略，可以指导ccRCC的临床管理。
04
Journal of Hepatology | 嵌合抗原受体修饰的巨噬细胞改善临床前模型中的肝纤维化
影响因子：25.7
作者单位：安徽医科大学第一附属医院
欧易生物提供：转录组测序
研究内容：
慢性肝损伤引起的肝纤维化和肝硬化在全球范围内都属于主要健康负担。然而，针对纤维化的临床干预和治疗手段仍然有限。鉴于巨噬细胞独特的内在特征及其移植到肝脏中的能力，研究团队对骨髓源性巨噬细胞(BMDMs)进行了CAR基因工程改造以指导其对肝星状细胞(HSC)的吞噬活性，在小鼠纤维化和肝硬化模型中评价CAR-巨噬细胞(CAR- Ms)的治疗作用并阐明其潜在机制。在小鼠肝纤维化模型中，CAR-Ms过继性转移显著减少了肝纤维化并恢复其肝功能。从机制上讲，CAR-Ms调节肝脏免疫微环境，募集和修饰内源性免疫细胞的激活，以驱动纤维化消退。这些CAR-Ms能够招募并向T细胞呈递抗原并引起特异性抗纤维化T细胞反应，以减少成纤维细胞和小鼠肝纤维化。总的来说，该研究现证明了使用巨噬细胞作为CAR技术平台的潜力，为肝纤维化提供了有效的治疗选择，CAR-M可能用于治疗肝纤维化患者。
05
Advanced Functional Materials | 自激活富磷底物导入酶催化结构域用于骨再生
影响因子：19
作者单位：四川大学
欧易生物提供：转录组测序、代谢组
研究内容：
酶在自然矿化中起着关键作用，但当患者患有严重的变性，如低磷酸盐血症时，它们的功能在骨代谢中是失能的。为了调节骨稳态，在甘油磷酸钙(CaGP)修饰的聚氨酯(PU)纤维基质上提出了一种自激活富磷系统，其中大量的酶催化结构域通过与肠碱性磷酸酶(IALP)螯合而导入并被钙原位激活，这些通过化学势评估进行了证实。因此，钙结合IALP催化有机磷酸盐局部磷酸化，达到钙化共生状态，在体内体外调节矿化并加速成骨。与酶辅助系统相比，自激活酶系统促进早期成骨分化和血管生成，使颅骨缺损快速愈合，具有“长尾”效应。转录组学和代谢组学分析表明，新生血管与钙/磷代谢呈正相关，特别是在无细胞因子条件下，甘油磷脂和钙离子的上调有利于成骨分化。这些结果为骨稳态和再生提供了一种潜在的酶激活疗法。
06
Bioactive Materials | 基于丝素蛋白-DNA水凝胶的软骨类器官前体促进软骨修复
影响因子：18.9
作者单位：上海大学
欧易生物提供：转录组测序
研究内容：
骨关节炎(OA)是一种常见的退行性疾病，其特点是高度致残性，对个人和社会造成巨大的经济影响。目前的临床治疗仍然不足以有效地管理OA。类器官，是由干细胞或祖细胞定向分化而成的微型三维组织结构，可以模拟天然器官的结构和功能。它们可用于药物测试，并可作为器官修复的移植物。然而，类器官的构建需要细胞外基质样的3D支架来促进细胞生长。水凝胶微球具有可调节的物理和化学性质，通过复制自然微环境在软骨组织工程中显示出前景。在前人研究用于软骨再生的SF-DNA双网络水凝胶的基础上，研究者将光聚合和自组装技术结合起来，通过微流控系统开发了一种新型的RGD-SF-DNA水凝胶微球(RSD-MS)，然后用Pep-RGDfKA进行修饰。RSD-MSs具有均匀的粒径、多孔表面、良好的膨胀和降解性能。体外研究表明，RSD-MSs可增强骨髓间充质干细胞(BMSCs)的增殖、粘附和软骨分化。转录组学分析显示，RSD-MSs主要通过整合素介导的粘附途径和糖胺聚糖的生物合成诱导软骨形成。此外，体内研究表明，将骨髓间充质干细胞移植到RSD-MSs上制备软骨类器官前体(COPs)，可显著促进软骨再生。总之，RSD-MS是构建和长期培养软骨类器官的理想选择，为软骨再生和组织工程提供了一种新的策略和材料选择。
07
Nano Today | 利用地塞米松和α-亚麻酸自组装纳米平台高效抑制小鼠肺细胞因子风暴和纤维化
影响因子：17.4
作者单位：沈阳药科大学
欧易生物提供：转录组测序
研究内容：
COVID-19引发的细胞因子风暴和肺纤维化是威胁人类生命和健康的两大罪魁祸首。在此，研究团队设计了一种由地塞米松(Dex)和α-亚麻酸(LNA)组成的新型二硫桥接无载体前体药物自组装纳米颗粒(DSSL NPs)，用于协同抑制细胞因子风暴和肺纤维化。DSSL NPs具有选择性靶向损伤肺组织和静脉给药后精确释放药物的能力。因此，在由脂多糖(LPS)诱导的细胞因子风暴小鼠中单次给药DSSL NPs可以通过阻断TNF、NF-κB和Toll样受体信号通路，有效减轻促炎细胞因子和组织损伤。此外，长期给药DSSL NPs可通过抑制Wnt-PCP信号通路，减轻LPS诱导肺纤维化小鼠的成纤维细胞异常活化和胶原沉积，且无明显的Dex相关副作用。总的来说，DSSL NPs实现了一种“一石二鸟”的效果，为综合治疗COVID-19相关疾病提供了安全可靠的策略。
08
Med | 通过干细胞来源的凋亡小体平衡巨噬细胞极化促进糖尿病伤口愈合
影响因子：17
作者单位：上海交通大学医学院附属第九人民医院
欧易生物提供：转录组测序、Small RNA测序
研究内容：
脂肪组织来源的干细胞衍生的凋亡小体(ADSC-ABs)在免疫调节和再生方面显示出巨大的潜力，特别是在糖尿病伤口治疗中。然而，它们的应用受到调节机制不明、清除快速和组织保留时间短的限制。研究团队通过mRNA测序和microRNA (miRNA)测序分析了ADSC-ABs在炎性巨噬细胞调节中的关键作用分子和调控途径，并通过基因敲低进行验证。为了防止快速清除，研究者采用微流体技术制备了甲基丙烯酸甲酯-酸酐明胶(GelMA)微球，以控制ABs的释放，并评估了ADSC-ABs 装载微球(ABs@GMSs)在糖尿病大鼠伤口模型中的有效性。研究结果表明，ADSC-ABs通过miR-20a-5p介导的JAK-信号转导和转录激活因子（STAT）途径有效地平衡巨噬细胞炎症极化。此外，也发现AB@GMSs具有良好的生物相容性，可显著延缓ABs的局部清除，改善糖尿病创面炎症，促进血管形成，从而促进创面愈合。总的来说，该研究揭示了ADSC-ABs在平衡巨噬细胞炎症极化中的调节机制，并强调了GMSs延缓其局部清除的重要性。这些发现对糖尿病伤口愈合新疗法的发展具有重要意义。
09
Nature Communications | 一对重复的组蛋白乙酰转移酶功能障碍导致水稻杂种衰退和种间生殖障碍
影响因子：16.6
作者单位：中国科学院分子植物科学卓越创新中心
欧易生物提供：水稻SNP芯片
研究内容：
亚非稻种间具有强大的杂种优势，但是种间生殖隔离的存在却导致杂种的产量优势无法得到充分利用。本研究表明，HWS1和HWS2这一对重复的同源基因的功能缺失，共同导致了亚洲和非洲水稻完全的种间不亲和性。这两种非孟德尔决定子编码Esa1相关因子6 (EAF6)蛋白，该蛋白作为组蛋白H4乙酰转移酶复合物的一个特征亚基，通过全基因组组蛋白修饰调节转录激活。重组基因HWS1 /2介导的维生素代谢和脂质合成的失调，导致F2杂交后代的花粉和种子存在缺陷。对HWS1/2基因的进化分析表明，该基因对在物种形成过程中经历了不完全谱系分选(ILS)和多次基因复制事件。该发现不仅揭示了一对控制杂种衰退的物种形成基因，而且阐明了一种可以扩大并用于指导和优化远缘杂交的杂交育种应用的机制。
10
Chemical Engineering Journal | 双途径糖酵解抑制促进化学动力学/光热疗法协同的生物能量疗法
影响因子：15.1
作者单位：宁波大学
欧易生物提供：转录组测序
研究内容：
能量是所有生物生存的基础，而增殖性肿瘤细胞主要依靠糖酵解来获取能量以满足较高的生物能量需求。糖酵解抑制已成为癌症治疗应用的关键靶点。然而，糖酵解抑制的治疗效果受到复杂肿瘤微环境(TME)中多种能量产生途径和生物屏障相互补偿的制约。在这项研究中，研究团队开发了一种聚多巴胺(PDA)包被的多孔CeO2-x纳米棒(CPGMB)，其共载二甲双胍(MET)和葡萄糖氧化酶(GOx)，并用牛血清白蛋白(BSA)包封，通过双途径糖酵解抑制促进光热/化学动力治疗(PTT/CDT)协同的生物能量疗法。弱酸性TME和光热效应释放MET和GOx，分别通过己糖激酶2 (HK2)抑制和葡萄糖剥夺途径抑制糖酵解。有趣的是，GOx催化葡萄糖氧化产生的H2O2被Ce4+转化为O2，导致葡萄糖闭环耗竭，通过缺氧缓解进一步增强糖酵解抑制。同时，Ce3+也能将H2O2转化为•OH，用于CDT。此外，CPGMB的光热效应使癌细胞消融并增加了•OH的产生。体外和体内实验证实了CPGMB的抗肿瘤功效和生物安全性。本研究提出了一种新的协同生物能量抗肿瘤治疗策略。
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