加速科研进展，搭建分子生物学与组织生物学的桥梁，华大时空组学技术Stereo-seq转录组兼容H&E产品方案正式发布。

 

Stereo-seq将实现在同一张切片上成功兼容转录组分析和H&E染色，更准确地判断组织分型，获取特定组织区域的基因表达信息。

 

在算法分析上，Stereo-seq可以实现H&E图像与转录组表达矩阵的自动配准。H&E染色可直观地表征组织病理学结构，研究者可据此圈选感兴趣的区域，提取对应的表达矩阵，利用华大时空分析软件进行下游的高级分析，包括细胞聚类、注释、差异分析、通路富集分析等，加速组织病理学、免疫病理学和肿瘤研究进程。

 

 产品亮点

 

01 高效的生化流程

 

在同一张切片上兼容转录组分析和H&E染色的同时，不会影响mRNA的捕获效率。

 

02 精准圈选兴趣区域

 

可直观便捷地根据H&E表征的病理信息圈选感兴趣区域，提取转录组表达矩阵进行多模态数据分析及探索。

 

03 纳米级分辨率

 

检测分辨率达到500 nm，可实现亚细胞级分子定位。

 

04 更广的时空视角

 

实现基因与组织影像同时分析，获得的分析结果可揭示疾病发生和发展的分子机制，为疾病诊断、治疗和预后提供新思路。

 

DEMO案例

 

在本研究案例中，研究人员利用H&E提供的组织学信息，选取与特定科学问题相关的分析区域探索潜在分子机制，对比研究了癌前区及癌区的空间分子特征。

 

通过对癌前区及癌区对应的时空转录组数据进行注释，研究人员发现两个区域在细胞组成上有着显著差异，相较于癌区，癌前区有着更高的免疫细胞浸润；进一步在分子层面分析，研究人员发现癌前区富集了显著的免疫应答反应，这也提示了癌前区特异的免疫微环境特征。

 

研究人员通过对组织、细胞、分子层面的对比揭示了癌前区及癌区的不同特征，分析结果有助于理解肿瘤发生发展的分子机制，这为肿瘤相关研究和预防诊治提供了新思路及切入点。

 

 演示数据

图1 基于H&E染色图像解析小鼠肾的聚类结果

从左往右依次为H&E染色图、空间基因表达量热图、单细胞分辨率聚类结果（cellbin）

 

图2 小鼠胃组织可视化结果

基于H&E图像选取感兴趣区域提取空间表达矩阵并进行可视化分析