10月客户文章合集

​多年来，欧易生物深耕于基因测序行业，致力于为生命科学领域的科学家和研发人员提供创新多组学技术服务。现已在单细胞与空间多组学、传统转录组学、基因组学、蛋白代谢组学及微生物等方向积累了深厚经验，并打造出成熟的多组学一站式服务平台。迄今为止，我们以“硬数据·好服务”的理念，助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。

据不完全统计，2023 年 10 月欧易生物已助力 74 篇客户文章发表在各领域知名期刊上，累计 IF高达 700.2分，平均 IF 达到 9.9分。其中包括Cancer Cell，Signal Transduction and Targeted Therapy，Molecular Cancer 等在内的10分以上文章22篇。

此次收录的文章涵盖多个研究方向，如涉及单细胞方向 7 篇、转录调控方向 35 篇、基因组方向 3 篇、微生物方向 12 篇、表观组方向 3 篇、酵母文库 1 篇、蛋白组&代谢组 7 篇、云平台 6 篇。

接下来让我们一起回顾一下这些科研成果！
 

01

Cancer Cell | SPRY1⁺CD8⁺祖细胞样耗竭T细胞增强了食管鳞状细胞癌对新辅助PD-1阻断的反应性

影响因子：50.3

作者单位：上海市胸科医院

欧易生物提供：单细胞转录组测序、转录组测序

研究内容：

食管鳞状细胞癌（ESCC）是一种常见的恶性肿瘤，对传统治疗方法的反应有限。近年来，新辅助免疫检查点阻断疗法（ICB）成为治疗ESCC的新策略，但缺乏可用的疗效生物标志物。因此，该研究对接受新辅助ICB的ESCC患者肿瘤组织进行了单细胞转录组测序，发现表达SPRY1的耗竭CD8⁺ T细胞亚群（CD8⁺ Tex-SPRY1）具有耗竭T细胞前体（Tpex）表型，并且与ICB的完全缓解相关。研究人员使用独立的ICB-/非ICB队列验证了CD8⁺ Tex-SPRY1细胞作为ICB特异性的疗效和生存的预测因子，证明了CD8+ T细胞中SPRY1的表达增强了Tpex表型并增强了ICB疗效。此外，CD8⁺ Tex-SPRY1细胞有助于巨噬细胞的促炎表型和B细胞的功能状态，从而通过增强CD8⁺ T细胞的效应功能来促进抗肿瘤免疫。

总之，研究结果揭示了祖细胞样CD8⁺ Tex-SPRY1细胞在食管鳞癌ICB有效应答中的作用，并为未来个体化免疫治疗方案的开发提供了生物标志物信息。

 

02

Signal Transduction and Targeted Therapy | 嗜酸性粒细胞通过组织蛋白酶L促使肺基质破坏和肺气肿

影响因子：39.3

作者单位：首都医科大学

欧易生物提供：单细胞转录组测序

研究内容：

慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者表现出血液嗜酸性粒细胞水平升高，通常会出现肺功能恶化和更严重的肺气肿，这意味着嗜酸性粒细胞可能参与肺气肿的发展。然而，嗜酸性粒细胞介导的肺气肿发生的机制仍不清楚。该研究采用单细胞转录组测序来鉴定哮喘和肺气肿小鼠模型中的嗜酸性粒细胞亚群，随后对这些亚群进行功能分析。对嗜酸性粒细胞进行评估后发现在弹性蛋白酶诱发肺气肿和卵清蛋白诱发哮喘的小鼠肺中嗜酸性粒细胞具有不同的转录表达谱。值得注意的是，嗜酸性粒细胞衍生的组织蛋白酶L有助于细胞外基质的降解，从而导致肺组织的肺气肿。在小鼠模型中，组织蛋白酶L的抑制导致弹性酶诱导的肺气肿的减少。重要的是，嗜酸性粒细胞水平与血清组织蛋白酶L水平呈正相关，肺气肿患者的组织蛋白酶L水平高于无肺气肿患者。

总的来说，这些发现强调了嗜酸性粒细胞衍生的组织蛋白酶L在细胞外基质降解和重塑中的重要作用，以及它与COPD患者肺气肿的相关性。

 

03

Signal Transduction and Targeted Therapy | 黄芪甲苷衍生物HHQ16通过靶向降解lncRNA4012/9456改善梗死后心肌肥厚和心力衰竭

影响因子：39.3

作者单位：海军军医大学

欧易生物提供：全转录组测序

 

研究内容：

逆转心室重构是治疗心肌梗死（MI）后心力衰竭（HF）的一种有前景的治疗方法。该研究报道了一种新的小分子黄芪甲苷衍生物HHQ16，它直接作用于心肌细胞，可有效逆转MI后的心室重构并改善心功能。研究发现，HHQ16的作用与心脏中新发现的Egr2相关转录本lnc9456的强烈抑制有关。lnc9456在正常小鼠心脏中表达量极低，但在接受左冠状动脉前降支结扎（LADL）的心脏和接受肥大刺激的心肌细胞中显著上调，进一步通过过表达和敲除实验证实了lnc9456在心肌细胞肥大中的关键作用。lnc9456和G3BP2之间的物理相互作用增加了NF-κB核易位，引发肥大相关级联反应，HHQ16以高亲和力与lnc9456物理结合并诱导其降解。此外，该研究进一步鉴定了lnc9456的人类同源基因lnc4012，它也是一个Egr2相关的转录本。同样，lnc4012在扩张型心肌病患者肥厚衰竭心脏中显著上调。HHQ16还与lnc4012特异性结合，导致其降解并拮抗其肥大作用。

总之，小分子靶向降解病理性增高的lnc4012/lnc9456有望成为一种新的治疗MI诱导的心肌肥厚和心衰的策略。

 

04

Molecular Cancer | circPSD3以uPA系统依赖性方式抑制HCC的血管侵袭和转移

影响因子：37.3

作者单位：四川大学华西医院

欧易生物提供：蛋白质谱鉴定

研究内容：

血管侵袭是肝细胞癌（HCC）肝内和远处转移的主要途径，是一个强烈的不良预后因素。环状RNAs（circRNAs）在肿瘤的发生和转移中发挥重要作用。然而，circRNAs在HCC血管侵袭发展中的调控功能和潜在机制仍不清楚。为了筛选参与HCC血管侵袭的circRNAs，研究人员对配对的门静脉癌栓（PVTT）和HCC组织进行了circRNA测序，共鉴定出100个差异表达的circRNAs。qRT-PCR检测发现，与匹配的HCC组织相比，PVTT组织中只有circPSD3显著下调。此外，circPSD3也是circRNA-seq中下调最显著的circRNA。临床分析显示，HCC组织中circPSD3表达降低与HCC的不良特征有关，并预示着预后不良。进一步的研究发现，TAR DNA结合蛋白43（TDP43）通过与pre-PSD3的下游内含子相互作用来抑制circPSD3的生物发生。为了探讨circPSD3在HCC转移中的潜在调控机制，研究人员进行了RNA-seq、RIP、RNA-pulldown、LC-MS/MS、TRAP、免疫荧光、Western blotting等一系列实验，结果发现Serpin家族B成员2（SERPINB2）是尿激酶型纤溶酶原激活剂（uPA）系统的内源性真实抑制剂，SERPINB2及其调控的uPA系统是circPSD3的下游靶标。机制上，circPSD3与组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1）相互作用，将HDAC1螯合在细胞质中，从而释放HDAC1对SERPINB2的转录抑制。

综上所述，circPSD3是HCC细胞侵袭和转移的重要调节因子，可作为HCC预后的生物标志物和治疗靶点。

 

05

Advanced Materials | 用于纳米催化癌症治疗的液体纳米颗粒

影响因子：29.4

作者单位：同济大学附属东方医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

纳米技术正在革新癌症治疗，并促进离子参与的癌症治疗方式的出现，然而，这种治疗方式由于纳米载体的有效使用而受到不良影响。为了从根本上解决这一问题，该研究利用谷胱甘肽（GSH）响应性有机二氧化硅网络，通过自下而上的总体策略将液滴锁定在纳米级别，以实现“离子药物”的系统递送。硫酸根生成供体（Na₂S₂O₈）作为一种范例“离子药物”，被包裹在液体纳米颗粒中，以有效地输送到肿瘤区域。经过进一步采用pH响应性单宁酸-Fe2+框架进行表面工程后，这些液体纳米粒子在到达肿瘤部位后实现了肿瘤微环境pH/GSH双重响应性离子释放 （Fe²⁺/Na⁺/S₂O₈²⁻），其中Fe²⁺进一步触发了S₂O₈²⁻产生有毒的•SO4⁻和•OH，有效执行癌细胞铁死亡（Fe²⁺、活性氧-ROS）和焦亡（Na⁺，ROS）。

这种肿瘤响应/特异性液体纳米平台对于进一步的离子介导的纳米医学和疾病治疗具有很强的指导意义。
 

06

Nature Metabolism | 肠道微生物衍生的氨 调节宿主的应激脆弱性

影响因子：20.8

作者单位：华中科技大学

欧易生物提供：微生物多样性测序

研究内容：

氨长期以来被认为是一种代谢废物，具有神经毒性作用。然而，对内源性氨的有益功能知之甚少。该研究发现肠道氨通过维持雄性小鼠大脑谷氨酰胺的可用性，将微生物氮代谢与宿主压力脆弱性联系起来。慢性压力通过改变肠道脲酶阳性菌群来降低血氨  水平，一种具有代表性的产脲酶菌株，嗜热链球菌可逆转由压力改变的肠道菌群诱导的抑郁样行为，而肠道氨生成的药物抑制会增加压力易感性。值得注意的是，异常低的血氨    水平限制了大脑对谷氨酰胺的可用性，谷氨酰胺是星形胶质细胞产生的一种关键代谢物，是突触前γ-氨基  丁  酸（GABA）补充所必需的，并通过皮质GABA能功能障碍赋予压力易感。在治疗方面，氯化铵（NH₄Cl）是一种临床常用的祛痰剂，可以挽救抑郁症小鼠模型的行为异常和GABA能缺陷。

总之，肠道微生物组产生的氨可以帮助缓冲宿主的压力，为情绪行为提供肠道-大脑信号基础。

 

07

Nature Communications | URI通过重编程p53野生型肝癌的脂质代谢，抑制酪氨酸激酶抑制剂诱导的铁死亡

影响因子：16.6

作者单位：复旦大学附属肿瘤医院

欧易生物提供：CUT&Tag测序

研究内容：

由于耐药性，基于酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）的晚期肝细胞癌（HCC）全身治疗的临床效果有限。该研究发现由非传统的前折叠蛋白RPB5相互作用因子（URI）介导的脂质代谢重编程使HCC对TKIs诱导的铁死亡具有抗性。机制上，URI直接与TRIM28相互作用，并以TRIM28-MDM2依赖的方式促进p53泛素化和降解，从而促进SCD1表达上调，抑制了TKIs诱导的铁死亡反应。重要的是，p53与硬脂酰辅酶A去饱和酶1（SCD1）的启动子结合并抑制其转录。URI高表达与SCD1高表达相关，二者协同表达预示HCC患者预后不良及TKIs耐药。SCD1抑制剂aramchol和氘代索拉非尼衍生物donafenib联合应用在p53野生型HCC患者来源的类器官和异种移植肿瘤中显示出有前景的抗肿瘤作用。

该联合疗法对具有野生型p53和高水平URI/SCD1的晚期HCC患者具有潜在的临床益处。

 

08

Nature Communications | 基于多酶仿生学的单原子铁催化剂，通过上调ESR1的表达治疗银屑病并防止其复发

影响因子：16.6

作者单位：同济大学附属第十人民医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

银屑病是一种复发率极高的常见炎症性疾病。活性氧（ROS）的过度表达在银屑病进展中起着重要作用。针对ROS造成的氧化应激，机体存在抗氧化系统，主要是以抗氧化酶维持氧化-还原稳态。然而，抗氧化酶在银屑病病灶中表达不足。因此，该研究配制了一种基于仿生Fe-N₄O₂结构的原子分散Fe-N-C催化剂（FeN₄O₂-SACs），其具有广谱ROS清除能力，可通过修复相关基因来治疗银屑病并预防复发。FeN₄O₂-SACs基于原子分散的Fe活性结构，表现出有吸引力的多种酶模拟活性，类似于天然抗氧化酶、铁超氧化物歧化酶、人红细胞过氧化氢酶和抗坏血酸过氧化物酶。体内外实验表明，外用FeN₄O₂-SACs更有效地改善银屑病样症状并防止复发，且疗效优于临床药物卡泊三醇。进一步的转录组测序及生物信息学分析发现雌激素受体1（ESR1）是银屑病催化治疗过程中上调的核心蛋白。

综上所述，该研究开发出具有广谱ROS清除能力的仿生单原子铁催化剂（FeN₄O₂-SACs），通过上调ESR1的表达有效治疗银屑病的炎症并防止其复发，为银屑病催化疗法和多酶仿生学提供了的治疗思路。

 

09

Nature Communications |C型凝集素受体2d与TLR2形成同源二聚体和异源二聚体，负调控IRF5介导的抗真菌免疫

影响因子：16.6

作者单位：同济大学附属第十人民医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

C型凝集素受体（CLRs）或Toll样受体（TLRs）二聚化可改变其与配体的结合能力，从而调节免疫应答。然而，CLRs和TLRs之间二聚化的可能性和作用仍不清楚。该研究发现C型凝集素受体-2d（CLEC2D）既能够形成同源二聚体，又能够与TLR2跨家族形成异源二聚体。定量配体结合实验表明，与TLR2同源二聚体相比，CLEC2D同源二聚体和CLEC2D/TLR2异源二聚体与真菌产生的β-葡聚糖的结合能力更强。此外，CLEC2D同源或异源二聚体可介导β-葡聚糖诱导的MyD88泛素化和降解，从而抑制转录因子IRF5的活化。进一步研究发现在β-葡聚糖刺激后，与野生型BMDCs相比，缺失Clec2d的BMDCs中Il12a表达水平显著增高，还发现Clec2d缺失显著增加IRF5与Il12a启动子的结合。

总之，这些数据共同表明，CLEC2D与TLR2形成同源二聚体或异源二聚体，通过抑制 IRF5 介导的 IL-12 的产生来负向调节抗真菌免疫。该研究揭示了固有免疫中模式识别受体二聚体化的功能多样性，为研发真菌感染的免疫治疗提供了新的策略。

 

10

Nature Communications | BuGZ的相分离通过与m⁶A调节因子相互作用调节肠道再生和衰老

影响因子：16.6

作者单位：四川大学华西医院

欧易生物提供：转录组测序

研究内容：

探索相分离在细胞内室形成中的作用是一个活跃的研究领域。然而，相分离与肠道干细胞（ISC）依赖的再生和衰老的关系仍不清楚。该研究证明了BuGZ，一种共凝聚的有丝分裂效应物，在果蝇ISC细胞核的间期表现出与年龄和损伤相关的凝聚。BuGZ凝聚促进ISC增殖，影响果蝇肠道修复和寿命。此外，m⁶A修饰是最普遍的转录后RNA修饰，而m⁶A reader YT521-B是BuGZ的转录和功能下游分子。YT521-B启动子或m⁶A writer Ime4/Mettl14与BuGZ的结合控制其共凝聚，表明启动子可能加速其结合的转录因子的相变。

该研究提出相分离和m⁶A调节因子可能对改善ISC依赖的肠道再生和衰老至关重要，需进一步研究。

 

 

 

 

 

 

 

 

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